Модификация Альтернатива 1.3.2 получила глобальное сюжетное обновление, с новой сюжетной линией для главного героя и двумя новыми концовками. Кроме кардинальных изменений сюжета и квестовой составляющей, разработчики обновили 5 действующих локаций и добавили четыре новых.

Dead Air Rebalance позиционирована как глобальный проект по ребалансу игрового контента с сюжетно-квестовым дополнением. Кардинально D.A.R затрагивает и расширяет не только возможности сюжетной составляющей, но и дополняет игру новыми образцами вооружения, костюмов, электронных устройств, оригинальной озвучкой, внесением корректировок в отношения группировок Зоны и много полезных нововведений, призванных разнообразить игровой процесс Dead Air Rebalance.

Dead Air Rerum представлен как аддон, проливающий свет на многочисленные вопросы игроков возникших во время прохождения основной сюжетной линии Dead Air. Разработчики решили оставить Dead Air таким, каким его полюбился игроки, но с разъяснением сюжетных моментов и раскрытием загадок зоны. Модификация призвана поменять привычные механизмы подачи и развития сюжетной истории, где главный герой идет к финалу по заранее прописанному сценарию и подсказкам в ПДА.

Радар глухой лес — это модификация с небольшим сюжетом, представленная как один из эпизодов жизни легендарного сталкера по имени Илья. История разворачивается на локации Радар, где главному герою предстоит выяснить причины крушения военного вертолета и по возможности разыскать выживших.

Сталкер Сезон катастроф Агрессия представлена разработчиками как первая часть большой сюжетной истории о сталкере Андрее Луневе, известном в Зоне под именем Старый. Данная модификация стала попыткой перенести события описанные в произведениях Вячеслава Шалыгина «Сезон катастроф» и «Сталкер», в игровую вселенную на платформе оригинальной версии игры Зова Припяти. Кроме нового сюжетного наполнения, игра приобрела очертания сборки геймплейных и графических дополнений заимствованных из сторонних проектов, придающие игре особую атмосферу и разнообразие окружения.

Я — Призрак новая сюжетная история разворачивающаяся вокруг легендарного сталкера Призрака, на локации Янтарь. Модификация построена на платформе игры Сталкер Зов Припяти, кроме нового сюжетного наполнения и уникальных квестовых персонажей, игра приобрела обновленную графику с использованием наработок проекта Atmosfear3 и интегрированный оружейный пак STCOP 3.0.