Проблема пустых тайников заключалась вроде немного в другом. Случается так, что менеджер выдает тайник, который выдавался уже ранее. И так до нескольких раз. В итоге, в тайнике лежал несколько раз выданный шмот. Например не один ствол, а скажем три. Но после того, как все забираешь метка уже с него не снималась и по Зоне куча пустых тайников . Но в каких-то модах это было исправлено.

Это как раз прекрасное объяснение тому, что метки тайников не исчезают после изъятия хабара. Несколько тайников в одной емкости, содержимое некоторых из них невозможно изъять, и тайник остается полным.
А вот почему хабар невидим?

Если метафорой, то тайник и есть емкость и он один. Тут просто содержимое тайника ложится в него несколько раз.
Вот выпал при обыске какой-нибудь тайник и он наполнился заданными вещами и на него поставилась метка. Но в данный момент за ним ГГ идти лень и он пошел дальше балагурить по Зоне. Через какое-то количество обысков жмуриков опять выдается этот злополучный тайник и в него опять добавляется заданный набор предметов (т.е. количество всего умножается на два) и опять же ставится метка. и так может быть сколько угодно раз, у меня как-то до четырех крат доходило.
И вот выпал нам тайник два раза и наконец ГГ до него добрался и все забрал. При заборе метка снялась, но их то поставилось две. Вот теперь этот тайник подсвечен навечно. Он может и еще раз выдаться, но метка уже не снимется.