Perfect Story 3.0 стал проектом, способным представить игрокам переосмысленный вариант сюжетной линии оригинальной версии Сталкер Зов Припяти. Изменения коснулись не только общего сценария, но и изменили цели и биографию главного героя, добавив в игру новые квестовые цепочки и измененные второстепенные задания. Кроме изменений сюжетного характера, было сделано множество правок геймплейного характера, что местами повлекло к его усложнению.

Сталкер MISERY 2.2 - является глобальной модификацией в корне меняющей облик зоны представленный ранее в оригинальной версии игры Сталкер Зов Припяти, выводя её на совершенно другой уровень. Проект призван изменить привычное представление игрока о зоне, максимально приблизив происходящее в ней к реальности, расширив набор геймплейных возможностей и наполнив его новым функционалом и нововведениями. Игра стала на порядок сложнее и технологичнее, однако сюжетное наполнение и квестовые цепочки остались нетронутыми.

Пространственная аномалия Update 4.1 - это финальное обновление для проекта Пространственная Аномалия", патч несёт в себе не только ряд исправлений, но и вносит в игру много нового, нашлось место и новым квестам. В данной версии модификации были учтены все пожелания и замечание игроков, что позволило сделать модификацию еще лучше. История же нам поведает о небезысвестном наёмнике Звере, его попытках выжить внутри мистического места, что сталкеры называют "Пространственной Аномалией", внутри которой царят совсем другие законы, в дефиците теперь всё: патроны, медикаменты, пригодная для питья вода, еда и даже болты, но это не остановит наёмника, что ищет способ выбраться из смертельной ловушки.

Тёмное Братство – Проклятые Зоной представлен как сюжетный проект, базирующийся на платформе Сталкер Тень Чернобыля. Графической оболочкой модификации стал проект Autumn Aurora 2. Новое сюжетное наполнение и персонажи со своими заданиями, подразумевают неожиданное развитие событий, напрямую зависящее от принимаемых решений главным героем, являющимся по сути мутантом, случайно выжившим после экспериментов "Осознания". Не смотря на довольно непродолжительную сюжетную линию, занимающую не более 30-ти часов, в игре предусмотрены две концовки, где хорошая концовка даст возможность продолжить игру во фриплее.

Золотой Шар Завершение представлена разработчиком как полная версия истории похождений сталкера Жекана, отправившегося в Зону в поисках легендарного Исполнителя Желаний. Оригинальные локации Теней Чернобыля встретят игрока совершенно новой сюжетной линией, мистической атмосферой воцарившейся вокруг главного героя, уникальными задания, не плохо проработанными квестовыми цепочками, новыми персонажами и нововведениями, практически до неузнаваемости, меняющих представление о привычном геймплее оригинальной версии.

Игра Душ - с таким названием представлена новая сюжетная модификация ставшая началом загадочной истории сталкера Немо. Основным и главным отличием от оригинала Теней Чернобыля, на котором построена модификация, является совершенно новая сюжетная линия, в которой кроме большого количества разных по характеру исполнения квестов и заданий, присутствуют дополнительные сюжетные ответвления. Наличие большой разветвленной архитектуры квестов, влечет неизбежное появление в игре новых квестовых персонажей, вокруг которых и разворачиваются события.